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苏轼于建中靖国元年七月二十八日（1101年8月24）病逝于常州，次年闰六月二十五葬于汝州郏城钧台乡上瑞里，苏轼葬郏，其弟苏辙泣告亲朋：其兄苏轼因“瘴暑相寻，医不能痊”而离开人世。
由瘴气、瘴毒引发的瘴疾，是战国至有宋一代岭南地区特有的地方病。岭南指五岭以南地区，大体相当于今广东、广西、海南、福建及云南、贵州部分地区，在两宋文献中多有记载，是公认的瘴病的高发区。
元符三年，苏轼终于结束岭南的七年贬谪生涯，遇赦北归。北归途中，五月底六月初，舟停仪真（今江苏仪征），此时，正值伏天，天气酷热，苏轼“食则胀，不食则羸甚……”又加“饮冷过度，夜暴下，且复疲甚”，于是苏轼只得搬进仪真东园。好友米芾冒热亲至东园送上中药麦门冬，苏轼亲自煎服，精神好转，病体渐康，并兴奋写下一首七绝记其事：“清风明月直万钱，无人肯买北窗眠。开心暖胃麦门冬，知是东坡手自煎。（《苏轼诗集》卷四十五）。
六月十一日，苏轼病情稍有起色”，又乘舟东行，十二日过润州（今镇江）后，“昏不知人者累日”。到常州后，“百病横生，四肢肿满，渴消唾血，全不能食者二十余日”。（《苏轼佚文汇编》卷一《乞致仕状》）。
七月十五日，苏轼判断自己是“积年瘴毒”致“热毒转甚”。“热毒”是苏轼常患之病，其病症为赤目、痔疮、浑身乏力、早衰。苏轼此时的热毒病症是高烧、出血。他在致好友钱济明尺牍中说：“夜发热不可言……细察疾状，专是热毒，根源不浅，当专用清凉药。已令用人参、茯苓、麦门冬三味煮浓汁，余药皆罢。”二十八日，苏轼告别人世。
苏轼所患之病，自述“仪真得暑毒”，至常州又“细察疾状，专是热毒，根源不浅”，而在上皇帝《乞致仕状》则谓“瘴毒大作”，这与北宋时人们对“南方凡病，皆谓之瘴”的认知有关。故苏辙有其兄“瘴暑相寻，医不能痊”之说。
“南方凡病皆为瘴”，医学和医史学家在系统梳理文献中关于瘴气和瘴病的记载后认为，瘴毒、瘴疾是多种疾病的统称，大致包括：热带病、地方病、人体寄生虫病、水源污染、大气污染所致疾病等一组复杂病症的统称，诸如疟疾、痢疾、血液病、脚气、黄疸、消渴、克汀病等等。那么苏轼“瘴毒大作”究竟是什么病？
现代医学认为，贫血、高烧、出血，起病急、病程短促、生存期一般数月至一年，是急性再生障碍性贫血，中医学称之为髓枯（急劳）症的典型临床表现。再生障碍性贫血有外感热毒、禀赋不足、血瘀内生等三大病因，外感热毒名列首位。中医学中无再生障碍性贫血一词，更无急慢性之分。急性再障属“急劳”、“髓枯”范畴，慢性再障属“虚劳”、“亡血”范畴。医学发展至现在，急性再生障碍性贫血病有“血液杀手”、“软癌”之称，治愈率极低。在治疗上，除中药外，配合西医学的成分血输注、广谱抗生素、骨髓移植等支持疗法，可控制和稳定症状，挽救部分患者生命。
根据苏轼的自述，“夜间发热不可言，齿间出血为蚯蚓者无数”；苏轼在五月“瘴毒大作”，至七月二十八日病故，病程不到三个月；加之苏轼居儋（今海南岛）期间，“海南连岁不熟，饮食百物艰难及泉、广海船舶绝不至，药物炸酱等皆无”，海南“土人顿顿食薯芋，荐以薰鼠烧蝙蝠”，这也是苏轼生活的真实写照，此种饮食环境由营养不良导致贫血的机率甚高。这基本符合急性再障的临床表现。引起该病的病因：“专是热毒，根源不浅。”也与现代中医学的判断相吻合。66岁的苏轼，虽自感“百病横生”，但置于苏轼死地之病，似可做出是中医称之为髓枯（急劳）症的基本判断，相对应，西医则称之为急性再生障碍性贫血（SAA-I型）。在西医，该病由Enrlich在1888年第一次发现并报道首例患者，苏轼病例比其早787年；Chauffard于1904年首先提出再生障碍性贫血这一病名，苏轼病例和治疗比其早803年。再生障碍性贫血系多种因素引起的红骨髓总容量减少，造血功能衰竭，并以全血细胞减少为主要表现的一组综合症，属血液病的一种。
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